임신기 단축 근로자의 연차 산정 기준 변경, HR은 어떻게 대응해야 할까?

2025년 9월 30일자로 시행된 여성고용정책과-003 행정해석 개정은 임신기 단축 근로자를 포함한 단축 근로자의 연차휴가 산정 기준을 근본적으로 바꾸는 중요한 변화를 담고 있습니다.

기존에는 단축 근로자의 1일 실근로시간인 6시간을 기준으로 연차를 차감하여 통상 근로자 대비 간접적인 혜택이 있었으나, 개정 이후에는 통상 근로자와 동일하게 1일 8시간을 기준으로 연차휴가를 산정해야 합니다. 이에 따라 HR 부서는 연차 산정 로직, 인사시스템, 급여 정산 규칙을 정확히 정비하기 위한 적절한 대응이 필요합니다.

오늘은 이러한 행정해석 변경의 핵심 내용을 짚고, 인사담당자가 실무적으로 준비해야 할 대응 전략을 정리해보겠습니다.

💡 참고 자료 : 여성고용정책과-003_2025-09-30 임신기 근로시간 단축 기간 중 연차 유급휴가 사용 관련 행정해석 변경 시달

임신기 근로시간 단축 제도는 「근로기준법」 제74조에 따라 임신 12주 이내 또는 36주 이후의 여성 근로자가 1일 2시간의 근로시간 단축을 신청할 경우 사용자가 이를 허용해야 하는 모성보호 제도입니다. 이 제도를 통해 1일 8시간 근로자는 임금 삭감 없이 1일 6시간만 근무하게 됩니다. 이번 행정해석 변경은 바로 이 ‘1일 6시간 실근로’ 상태에서 연차를 사용하는 기준에 대한 것입니다.

종전 행정해석 하에서는 단축 근로자가 1일 연차를 사용할 경우 6시간만 차감되어, 1일 8시간을 차감하는 통상 근로자에 비해 연차 2시간을 추가로 보존하는 간접적인 혜택이 있었습니다. 이로 인해 통상 근로자보다 이중으로 혜택을 받아 조정이 필요하다는 의견이 제기되었고, 이번 개정은 이러한 형평성 문제를 해소하는 의미가 있습니다.

행정해석 변경의 핵심은 ‘연차휴가 사용 시 근로시간 단축자도 통상 근로자와 동일하게 1일 8시간을 차감’하도록 한 것입니다.

• 법적 근거 : 임신기 근로시간 단축은 1일 2시간까지 근로시간이 면제되어 실근로시간이 단축되나, 소정근로시간이 변경된 것은 아닙니다. 법률은 단축 전과 동일한 임금을 받도록 규정할 뿐, 연차휴가 사용 시 추가 혜택을 부여하도록 규정하고 있지 않습니다. 따라서 통상 근로자와 동일한 기준을 적용하는 것이 타당하다는 판단입니다.

• 실질적 영향 : 이로 인해 임신기 단축 근로자의 연차휴가 사용 속도는 다소 빨라지며, 실질적으로 사용할 수 있는 총 휴가 일수가 줄어드는 결과가 발생합니다.

• HR 과제 : 기업 입장에서는 연차 산정 방식의 단일화로 형평성이 확보되는 장점이 있으나, 근태정산, 급여 연동, 인사시스템 수정 등 실무 작업이 필수가 되었습니다.

• 연차 관리 및 비용 산정 로직 변화 : 1일 8시간 차감 기준으로 변경됨에 따라 동일 기간 내 사용할 수 있는 휴가 일수가 줄어듭니다. 이에 따라 연차 잔여 일수/시간의 계산 방식을 수정해야 합니다. 이는 연차휴가 미사용수당 등 유급휴가 비용 산정에도 영향을 미치므로 급여 담당 부서와의 연동 점검이 필수적입니다.
• 인사규정 및 근태정산 프로세스 정비 : 기존에 존재했던 ‘단축 근로자 6시간 기준’과 관련된 인사규정 및 취업규칙을 삭제하거나 8시간 기준으로 수정해야 합니다. 또한, 연차휴가 신청 시 전자결재-근태기록-연차 차감으로 이어지는 정산 프로세스 전반의 일관성을 확보해야 합니다.
• HR 시스템 업데이트 및 법적 리스크 관리 : ERP, 근태관리, 전자결재 시스템 등 HRIS에서 연차 발생 및 사용 로직을 2025년 9월 30일자 이후 사용분부터 새 기준(8시간)에 맞춰 조정해야 합니다. 미반영 시 법적 리스크로 이어질 수 있습니다.

제도 개정에 따른 혼란을 줄이기 위해 HR 담당자는 다음과 같은 단계별 대응이 바람직합니다.

1. 인사규정 정비 및 내부 공지 : 회사의 취업규칙과 연차 규정을 개정하고, 변경 내용을 근로자에게 명확히 안내해야 합니다. 임신기 단축 근로자에게는 연차 산정 방식 변경이 휴가 사용에 어떤 영향을 미치는지도 투명하게 설명하는 것이 좋습니다.

2. 근태정산 로직 및 급여 연동 점검 : 연차 차감 기준이 8시간으로 변경됨에 따라, 근로시간 단축자에게도 동일 단위로 유급처리가 이루어지는지 확인해야 합니다. 근태기록, 연차 정산, 급여 계산이 일관되게 연동되는 구조가 필요합니다.

3. 근태관리 시스템 자동화 설정 검토 : 수작업 계산으로는 정확성을 담보하기 어렵습니다. 연차 발생·차감 로직을 자동화하고, 단축 근로자 전용 근무유형을 별도로 설정해 관리하는 것이 바람직합니다.

4. 근로자 커뮤니케이션 및 교육 : 단축 근로자에게 변경된 제도를 충분히 설명하고, 휴가 신청 및 차감 방식이 이전과 다름을 명확히 안내해야 합니다.

변화하는 제도와 이에 따른 실무 작업은 통합 인력관리 솔루션 시프티(Shiftee)의 자동화 시스템을 통해 효율적으로 처리할 수 있습니다. 시프티를 활용하면 복잡한 행정해석 변경에도 빠르게 대응하면서, 근태·휴가 관리의 효율성과 정확성을 동시에 확보할 수 있습니다.

• 근로시간 단축 근로자 전용 근무 및 휴가 유형 설정 : 임신기 단축 근로자를 대상으로 1일 6시간 근무 유형을 관리하면서도, 연차 차감 규칙은 1일 8시간을 기준으로 유연하게 설정할 수 있습니다.

• 연차 발생 및 차감 규칙 커스터마이징 : 1일 8시간 차감 기준을 자동으로 반영하고, 시간 단위 연차 사용 시에도 해당 휴가 사용 후 잔여 휴가 시간이 정확하게 계산되도록 복잡한 계산을 시스템이 알아서 처리합니다.

• 전자결재 기반 휴가 승인 프로세스 자동화 : 근로자의 휴가 신청(1일, 반차, 시간차 등)이 전자결재를 통해 승인되면, 해당 휴가에 설정된 유급시간이 자동으로 차감되어 HR 담당자의 수작업 오류와 행정 업무를 획기적으로 줄여줍니다.

• 근태정산 리포트 자동 생성 : 연차 사용 내역을 포함한 근태정산 리포트를 실시간으로 제공하여, HR은 새로운 행정해석에 대한 준수 상태를 손쉽게 점검하고 급여 정산에 정확하게 연동할 수 있습니다.

A. 고용노동부 지침([여성고용정책과-003, 2025-09-30])에 따라, 이 행정해석은 시달 이후인 2025년 9월 30일 이후 사용하는 연차 유급휴가부터 적용됩니다. 그 이전에 사용한 연차휴가에 대해서는 종전 행정해석(1일 6시간 차감)이 적용됩니다.

A. 반차(4시간)를 사용하는 경우, 4시간이 연차에서 차감됩니다. 새로운 행정해석은 시간 단위 연차휴가를 사용하는 경우에도 통상 근로자와 동일하도록 처리해야 한다고 명시하고 있습니다. 일반적으로 반차는 통상 근로자의 1일 소정근로시간(8시간)의 절반인 4시간을 기준으로 합니다.

단축 근로자(6시간 근무 의무)가 4시간 반차를 사용하면 2시간만 근무하고 퇴근할 수 있습니다 (6시간 - 4시간 = 2시간). 연차 잔여 시간에서는 4시간이 차감됩니다.

A. 아닙니다. 근로기준법에는 단축의 대상 및 기간, 신청 시기 및 방법, 임금 삭감 금지 등에 대한 내용만 규정되어 있을 뿐, 해당 기간에 대한 근로조건 서면 명시 의무가 별도로 규정되어 있지 않습니다. 따라서, 다른 특별한 사정이 없다면 임신기 근로시간 단축 시 근로조건에 대한 서면 명시를 반드시 해야 할 법적 의무는 없다고 사료됩니다. 다만, 노사 당사자 간 자율적 협의를 통해 서면 작성이 필요하다고 판단되는 경우 작성할 수는 있습니다.

※ 본 아티클은 노무 관련 주제에 대한 일반적인 해석과 실무적 관점을 담고 있습니다. 개별 기업의 특수성 및 관련 법규의 개정에 따라 해석이 달라질 수 있으므로, 법적 판단 및 권리 주장 등을 위한 공식적인 자료로 사용할 수 없음을 참고 바랍니다. 정확하고 개별적인 법적 판단 및 질의가 필요할 경우, 관할 지방고용노동관서 또는 고용노동부 민원마당(온라인)을 통해 공식적인 민원 및 유권해석을 신청하시기 바랍니다.

이번 행정해석 개정으로 인해 임신기 단축 근로자를 포함한 근로시간 단축제도 운영 기업은 변경된 연차휴가 산정 기준을 적용해야 합니다. HR 담당자는 제도의 취지를 유지하면서도, 변화된 행정해석 기준을 정확히 반영할 수 있는 관리체계를 시급히 마련해야 합니다.

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